حتی مصرف کم دخانیات سبب بیماری‌های بسیاری خواهد بود پس مصرف قلیان می‌تواند با مشکلات جدی همراه باشد. دخانیات عامل 90 تا 95 درصد سرطان‌های ریه و 40 درصد بیماری‌های قلبی - عروقی است. همچنین 50 تا 70 درصد سرطان‌های دهان، حلق، حنجره و 40 درصد سرطان‌های لوزالمعده و 30 درصد سرطان‌های مثانه در اثر مصرف دخانیات است. طرز مصرف قلیان که در آن قسمت دهانی شلنگ میان افراد جابجا می‌شود باعث انتقال بیماری‌هایی مانند هپاتیت، تبخال و سل می‌شود. اعتیاد به نیکوتین موجود در قلیان در ابتدا با تمایل به استنشاق بوی قلیان آغاز می‌شود. به طور قطع قسمتی از نیکوتین قلیان توسط آب گرفته می‌شود اما در نهایت مقدار کلی نیکوتین به حدی بالاست که چند برابر سیگار حاوی نیکوتین است. دود قلیان به دلیل ذغالی که در سوختن آن به کار می‌رود بیشتر از سیگار حاوی مونوکسیدکربن است. به جز آن که قلیان در حرارت پایین‌تری نسبت به سیگار می‌سوزد و در نتیجه مونوکسیدکربن و قطران بالاتری دارد. بعد از مصرف یک قلیان به مدت 45 دقیقه مونوکسیدکربن به 45 تا 70 ppm (واحدی برای اندازه‌گیری غلظت یک ماده سمی یا آلوده کننده) می‌رسد که برابر است با مصرف 45 تا 70 سیگار در مدت یک ساعت. باید توجه داشت که اولین قدم‌های اعتیاد به نیکوتین و بسیاری از مواد مخدر می‌تواند با استعمال قلیان آغاز شود. توتون تنها یک چهارم وزن ماده‌ای که برای استعمال قلیان استفاده می‌شود و بقیه آن را مواد افزودنی تشکیل می‌دهند و در نتیجه ماده‌ای که مصرف می‌شود حاوی نیکوتین و بسیاری مواد سمی دیگر است. به دلیل پک‌های عمیق در مصرف قلیان، ضررهای قلیان نسبت به سیگار به مراتب بیشتر خواهد بود.بر اساس اعلام دبیرخانه ستاد کشوری کنترل و مبارزه ملی با دخانیات، طی سال‌های گذشته مصرف قلیان به طرز قابل توجهی در کشور افزایش یافته است.سازمان بهداشت جهانی بعد از اعلام همه‌گیری در حال رشد مصرف سیگار که در دهه گذشته بارها و بارها تکرار کرده بود، در طی چند سال گذشته اذعان کرده است که با همه‌گیری دیگری از دخانیات به نام قلیان روبرو هستیم. طبق گزارشات سازمان بهداشت جهانی دود قلیان حداقل حاوی همان مقدار ماده سمی است که دود سیگار دارد و مصرف آن برای سلامتی فرد و دیگران مضر است. قلیان فرآورده‌ای است که نیمی از مردان ایرانی آن را تجربه کرده‌اند. طی مطالعه‌ای که در مرکز تحقیقات پیشگیری و کنترل دخانیات در سال‌های 85 و 86 انجام شد، مشخص شد که 50 درصد مردان و 37 درصد زنان تجربه مصرف قلیان را دارند. در مطالعاتی که انجام شده، 23 درصد سیگاری‌ها حداقل یک بار در هفته قلیان مصرف می‌کنند. این رقم در غیرسیگاری‌ها 25 درصد است. این بدین معناست که غیرسیگاری‌ها حتی بیش از سیگاری‌ها در حال مصرف قلیان هستند و به سمت اعتیاد به آن پیش می‌روند. در مورد مصرف قلیان خوب است بدانیم که تنها قسمت کمی از دود قلیان در تماس با آب است و قسمت اعظم آن بدون تماس با آب مستقیم وارد بدن انسان می‌شود. هر وعده قلیان 30 تا 40 لیتر دود وارد بدن انسان می‌کند. قلیان بیش از سیگار حاوی توتون است و مخزن سوخت آن حاوی ذغالی است که دود ذغال هم به دود قلیان اضافه می‌شود. قلیان در درجه حرارت 450 درجه سانتیگراد می‌سوزد در حالی که سیگار در 800 تا 900 درجه سانتیگراد. این واقعیت خود به معنی سوخت ناقص قلیان است. این سوختن ناقص خود دلیلی بر تولید مواد سمی بیشتری نسبت به سیگار است. دود قلیان مانند دود سیگار به علت نیکوتین موجود در آن اعتیادآور است. موادی که به توتون قلیان اضافه می‌شوند فقط برای تبدیل بوی بد توتون به بوی خوب و دلفریب می‌باشد و در عین حال سرطان‌زاست. یک ساعت در معرض دود قلیان دیگران بودن برابر است با مصرف همزمان 6 تا 8 نخ سیگار. میزان مونوکسید کربن و گازهای سمی در خون افراد در معرض دود قلیان برابر با میزان این گازها در خون افراد مصرف کننده قلیان است.